7月15日，国家文物局在济宁市举行了大运河南旺枢纽工程大遗址保护研讨会,针对大运河南旺枢纽工程大遗址的现状与保护，专家们进行了热烈的讨论。 15日上午，专家们沿路线实地察看了南旺枢纽工程大遗址、龙王庙建筑群等遗址，进行了热烈的现场讨论。省文物局副局长由少平说：“看到这项充满了古人智慧的水利工程，我们感到了震撼。南旺枢纽工程有独特性，古建筑群遗址保存得比较完好，这是比较少见的。通过启动南旺枢纽工程对推进大运河申遗和保护的意义重大，也为推动全省大遗址保护工作起了示范带头作用。这项工程实施基本上恢复了当时的面貌。在初步工作展示完后，可以通过结合商业的发展来实现繁荣景象，让其发挥自身的经济作用。” 省水利厅专家称，南旺枢纽工程的恢复，将减轻大汶河防洪压力。同时可利用水资源，是一件利民的事情。 
    对于大运河南旺枢纽工程大遗址的保护和申遗，汶上县委副书记、县长孙琪做了介绍：针对运河沿线文物分布点多、线长、面广的特点，成立了南旺文物管理所，具体负责有关运河文物的日常保护。国家、地方投入资金对观音阁、关帝庙、文公祠、宋公祠等建筑单体进行了全面的落架维修，现正准备进行油漆彩绘。下一步，汶上将加大资金筹集力度，对禹王殿、禅堂、蚂蚱神庙等濒危性建筑进行抢救性维修。该县文物管理部门组织专门人员收集运河相关资料，内容涉及书籍、碑刻以及民间传说、史话等非物质文化遗产。截至目前，该县文物局已收集运河相关书籍、史料20余种，碑刻30余通；收集的民间传说、史话等非物质文化遗产资料30余万字，现正加紧整理，不久将结集出版。 
    将沿大运河和小汶河两岸划定保护区和建设控制地带，以分水口为中心，圈定“T型”保护区，结合新农村建设规划，保护区内的居民全部迁出，妥善安置，进行河道大清理，对违章建筑、生活垃圾等彻底清除，对河道和堤岸进行简单的平整和绿化，设置工程标识说明牌，开辟沿河道环形游览路线，配置环保动力车，以方便游人。 
    拟聘请高层专家，编制《南旺分水枢纽工程考古遗址公园规划方案》。以分水口为中心，恢复周边部分运河故道、石剥岸、分水嘴、码头等；尽量实现上游从戴村坝引水，疏浚小汶河，重建马踏湖水柜，清理运河故道，修复十里闸、柳林闸、寺前铺闸等水工设施，调水入运，展示运河枢纽工程，再现分水壮观场面。 
    目前，龙王庙大殿、戏楼、水明楼、过厅、白公祠、潘公祠、白大王庙等已不存在，拟借鉴洛阳定鼎门保护方式，实施考古遗址保护。即在水明楼、牌坊和戏楼基址上复原建设一面仿古建筑群，其内部在充分展示原有建筑遗址的基础上，采用钢架玻璃结构，实现考古遗址保护。这样，从外观上看是恢复了古建筑，从内部看展示的是原有古建筑的遗址。通过这种方式，达到既有效地保护了文物，又能展示原有建筑历史风貌的目的。  
    计划建设南旺分水枢纽博物馆。该馆将以运河分水为主题，集收藏、研究、展览、展示于一体。除展出一些出土文物和图片外，还将通过沙盘、多媒体、三维动画等多种高科技手段，充分运用声、光、电等现代科技手段，融合运河历史文化，将枢纽工程的昔日风貌生动地展现在世人面前。